Équipe IMIS - Imagerie Multimodale Intégrative en Santé

Paulo Loureiro de Sousa

De Équipe IMIS - Imagerie Multimodale Intégrative en Santé
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Paulo Loureiro de Sousa, Ph.D


moi + Le Petit Ballon de Vosges + gargouille cathédrale de Strasbourg

Ingénieur de Recherche CNRS / Research scientist

Adresse postale / Mailing address :
Institut de Physique Biologique, Faculté de Médecine
4, rue Kirschleger, 67085 Strasbourg CEDEX
Tél : +33 (0)3.68.85.40.76

ploureiro @ unistra . fr

Plateforme d'Imagerie In Vivo de Strasbourg
http://piiv.u-strasbg.fr




Activités principales

  • Interlocuteur scientifique avec les utilisateurs et clients de l'IRM 3T;
  • Interlocuteur scientifique et technique avec le fabricant de l'IRM 3T;
  • Responsable de l'étude de faisabilité technique et la mise en place de tous les protocoles à l'IRM 3T;
  • Gestion de l'ensemble des moyens matériels et humains alloués aux protocoles de recherche utilisant l'IRM 3T;
  • Rédaction des cahiers de charge techniques;
  • Réalisation, supervision, validation des examens (protocoles IRM) et relation avec les demandeurs ;
  • Formation des utilisateurs de l'IRM 3T sur l'utilisation des équipements et les règles de sécurité;
  • Veille sur l'évolution des dispositifs et l'application des règles en matière de « sécurité IRM »;
  • Veille sur les évolutions technologiques matériel et logiciel (nouvelles séquences d'images) en IRM ;
  • Astreinte (interventions techniques d'urgence en dehors des heures ouvrables);

Parcours professionnel

  • 2011 à présent, Responsable de l'IRM 3T, Plateforme d'Imagerie In Vivo de Strasbourg - ICube, Strasbourg (France)
  • 2007 à 2011, Responsable Méthodologie, Laboratoire de RMN, Institut de Myologie - AIM/CEA, Paris (France)
  • 2005 à 2007, Chercheur Associé, Centre de Biophysique Moléculaire (CBM), CNRS, Orléans (France)
  • 2003 à 2005, Chercheur Associé, Grupo de Espectroscopia e Imagens por RMN (UFPE), Récife (Brésil)
  • 2001 à 2003, Post-doctorant, IPB - Université Louis Pasteur, Strasbourg (France)
  • 1999 à 2001, Post-doctorant, Laboratoire DCSO, Ecole Polytechnique, Palaiseau (France)

Diplômes

  • 1999, Ph.D. - Physique/RMN, Universidade de Pernambuco (UFPE), Recife (Brésil)
  • 1995, M.Sc. - Physique Médicale, Universidade de São Paulo (USP), Ribeirão Preto (Brésil)
  • 1993, B.Sc. - Physique, Universidade de São Paulo (USP), São Carlos (Brésil)

Formations

  • 2015, ParaVision Programming Course, Bruker BioSpin MRI GmbH, Ettlingen (Allemagne)
  • 2012, Responsabilités en Recherche Clinique ICH-BPC, Quintiles, Strasbourg (France)
  • 2011, ESMRMB Lectures on MR course on Rapid Imaging: Echo Generation and Manipulation, Max-Planck, Tübingen (Allemagne)
  • 2010, Formation aux Gestes et Soins d'Urgences (AFGSU), (niveau 1), Croix Rouge / Hôpital Albert Chènevière, Créteil (France)
  • 2007, IDEA Sequence Development course, Numaris 4 IDEA Pulse Programming, SIEMENS Medical Systems Inc., Cary (États Unis)
  • 2006, Expérimentation Animale (niveau 1), CNRS, Paris, Vendôme et Orléans (France)
  • 1994, College on Medical Physics: Radiation Protection and Imaging Techniques, International Centre for Theoretical Physics (ICTP), Trieste (Italie)

Activités d’Enseignement

  • 2008‐2010, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Licence de Sciences et technologies. Mention : Physique ‐ option LP390 : Imagerie biologique et médicale RMN : bases physiques, principes d’imagerie et de spectroscopie et quelques applications, Paris, France.
  • 2007‐2010, Ecole Nationale Supérieure d'Arts et Métiers (ENSAM), Mention : BIOST du Master des Arts et Métiers ParisTech : L’imagerie par Résonance Magnétique: Principes physiques associés, Paris, France.

Missions internationales (Groupes de travail)

Encadrement doctoral et scientifique

Co-encadrement de thèses

  • Lucas Soustelle, Université de Strasbourg, École doctorale : Mathématiques, Sciences de l'Information et de l'Ingénieur (MSII), titre de la thèse : Imagerie de la myéline par IRM à temps d' écho ultra-court, Directeurs de thèse : Jean-Paul ARMSPACH et François ROUSSEAU. Financement : contrat doctoral Université de Strasbourg, depuis octobre 2014.

Jurys de thèse

  • Comme rapporteur au jury de mi-thèse de Nadège CORBIN, ICube, équipe AVR. Titre : L'Elastographie par Résonance Magnétique (ERM) dédiée à la planification et au suivi des ablations thermiques. Directeur de thèse : Michel de Mathelin. Le 26 Mai 2014
  • Comme rapporteur au jury de mi-thèse de Takoua KAAOUANA, doctorante à l'Institut du Cerveau et de la Moelle (ICM) à Paris, Equipe ARAMIS. Titre : Analyse et segmentation automatique des micro- saignements cérébraux : application à des études cliniques multicentriques, directeur de thèse : Didier Dormont. Le 13 Décembre 2013.

Encadrement de stages

  • Yvan DIETRICH, Master Ingénierie Biomédicale et Pharmaceutique, Parcours Imagerie Médicale, Filière Génie Biomédical, stage de 5ème année. Sujet du stage : Mise en place d'une séquence IRM pour l'imagerie quantitative de la myéline sur un système Siemens Verio 3T. Du 04/03/2013 au 31/08/2013.
  • Maya DELBANY, Ingénieur de Recherche pour le projet ANR Vivabrain ( Simulation d’angiographies virtuelles à partir de modèles vasculaires 3D et 3D+t). Objectif du stage de 12 mois : mettre en place sur l'IRM 3T des séquences et protocoles d'IRM pour la mesure de vitesse du flux "in vitro" (simulateur mécanique du flux vasculaire) et "in vivo" (cerveau, chez l'homme). Depuis octobre 2014.

Thématiques de recherche

Imagerie de la myéline

La gaine de myéline est une membrane lipoprotéique qui entoure l'axone. Son rôle principal est de faciliter la transmission des signaux nerveux au niveau du système nerveux central. La myéline a également le rôle de protéger les cellules nerveuses, formant un revêtement qui entoure leur surface. Dans la plupart des cas, la destruction de la myéline (démyélinisation) génère une large gamme de dysfonctionnements du système nerveux.
De par sa bonne résolution spatiale et les différentes possibilités de contraste, l’Imagerie par Résonance Magnétique Nucléaire (RMN/IRM) est devenue la modalité de choix pour le suivi des maladies démyélinisantes (comme la sclérose en plaques). En routine clinique les séquences d’IRM pondérées en T1 et T2 donnent une indication de l’étendu des lésions de la substance blanche et servent comme indicateur de l’évolution de la maladie.
Cependant, le signal RMN des tissus contenant des structures hautement ordonnées comme la gaine de myéline s’annule en quelques centaines ou même dizaines de microsecondes (T2 << 1 ms). Avec des séquences d’IRM standard (temps d’écho typique > 1 ms), ces structures ne sont pas visibles, et donc pas quantifiables. Pour cette raison, l’évaluation quantitative de la myéline par IRM est principalement réalisée de façon indirecte, par les méthodes de relaxométrie et du transfert d’aimantation (MTI). Ces méthodes reflètent l’interaction des protons de la membrane lipoprotéique avec les protons de l’eau libre (intra et extra cellulaire).
Malgré leur bonne corrélation avec l’histopathologie, ces techniques ne sont pas spécifiques à la présence de myéline. Par exemple, la MTI est sensible non seulement au contenu de la myéline, mais aussi à la densité d’axones. Des travaux récents suggèrent que la quantification directe de la densité de myéline est possible avec les nouvelles séquences d’IRM à temps d’écho ultra-court (UTE, temps d’écho typique << 1 ms).
L’objectif de ce projet de thèse est donc d’évaluer la faisabilité de la quantification directe de la myéline avec les séquences UTE sur un IRM « petit animal » Bruker de 7 teslas.
Travail de thèse de Lucas SOUSTELLE.

Imagerie quantitative rapide

Depuis les débuts de l’imagerie par résonance magnétique (IRM), la communauté des utilisateurs s’est principalement cantonnée à produire des images dites en « pondération ». Ces images reflètent la variation relative du signal de paramètres physiques accessibles en IRM entre tissus sains et lésés. Ce type d’imagerie a cependant un grand nombre d’inconvénients que l’imagerie quantitative a le potentiel de balayer. L’imagerie pondérée n’est pas en mesure de détecter une anormalité homogène, diffuse. En raison de son caractère qualitatif et subjectif, l’imagerie pondérée n’est pas assez sensible et reproductible pour son utilisation dans un suivi pathologique ou/et thérapeutique. Sa très forte dépendance aux paramètres de séquence et au type de scanner, sont un facteur de biais important pour les protocoles multicentriques.
Nous travaillons dans la recherche et développement de nouvelles séquences d'IRM et des nouvelles méthodologies (acquisition, traitement) permettant d'une part, accéder à des informations quantitatives (principalement celles associés à la relaxation et au transfert d’aimantation, qui peuvent donner des informations structurales). Des nouvelles stratégies d’acquisition basées sur le balayage non-cartésien associé aux techniques de « compressed sensing » seront explorées de façon à réduire le temps d’acquisition et la déposition d’énergie (SAR).
Avec : Alexandre VIGNAUD et Alexis AMADON (Neurospin/CEA) et l'équipe de Pierre CARLIER (Lab. de RMN, IdM/CEA)
segmentation automatique d'un cerveau de souris

Phénotypage par IRM de souris génétiquement modifiées

L'Imagerie par Résonance Magnétique (IRM) est devenue un outil de plus en plus populaire pour examiner le phénotype des souris génétiquement modifiées. Dans le cadre d’une collaboration avec l’IGBMC (Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire) et l’ICS (Institut Clinique de la Souris), nous allons mettre en place des protocoles d'acquisition IRM (sur le 7T "petit animal" Bruker) et des chaînes d’analyse automatique d’images permettant d’effectuer de la morphométrie cérébrale chez la souris. Projet financé par l'API ICube 2014. Avec : Vincent NOBLET (ICube) et l'équipe de Yann HERAULT (IGBMC / ICS)


Production scientifique

Responsabilités collectives

  • Assistent de prévention - Lab. ICube.
  • Membre du CLHSCT (Commission Locale d'Hygiène, de Sécurité et des Conditions de Travail).

Expertises

  • Expert auprès du Ministère de la Recherche ;
  • Reviewer pour le journal Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy.
  • Reviewer pour le journal PLoS One.
  • Reviewer pour l'ISMRM.
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